Mientras las ventas de Sonic fueron fuertes y la suerte de Sega estaba tomando un giro para mejor gracias al juego, no todos estaban felices en el Sonic Team. El líder en programación Yuji Naka no estaba satisfecho con la política de pago de Sega, y dejó la compañía. Su amigo Mark Cerny, quien era la cabeza de la nueva División de Desarrollo de Sega establecida en Estados Unidos, convenció a Naka de volar allá y unirse a esa rama allí. El director de Sonic 1, Hirokazu Yasuhara también formó parte del equipo en Estados Unidos como parte de un intercambio de talentos internos de Sega y el nuevo Instituto técnico formado por Sega, quienes empezaron a trabajar en un par de secuelas de Sonic. Cuando completaron Sonic & Knuckles en 1994, Yuji Naka regresó a Sega en Japón donde le ofrecieron una gran promoción. Por primera vez desde Sonic 1, el nombre del Sonic Team fue revivido.

     Con un nuevo sentido de identidad, el Sonic Team dejó a su mascota bien sentada y comenzó a trabajar con algunas nuevas y creativas series. La primera de estas sería NiGHTS into Dreams, un fantástico juego de acción que dejó en claro el potencial del equipo para innovar. Aunque no fue un éxito comercial como Sonic, NiGHTS ganó críticas y aclamación. Al poco tiempo de estos éxitos llegaron una serie de originales e inspiradoras creaciones: Chu-chu Rocket!, Samba de Amigo, y el inmensamente popular Phantasy Star Online.

      En 1999, al poco tiempo de completado el Sonic Adventure, 12 miembros del Sonic Team se mudaron de Tokio a San Francisco y establecieron el Sonic Team USA, la rama de la compañía de desarrollo Occidental. Encabezados por el Director del Sonic Adventure Takashi Iizuka, Sonic Team USA seguiría desarrollando varias secuelas de Sonic en 3D, las cuales tendrían un éxito comercial mientras recibían reacciones mixtas de los fanáticos y críticos. Al mismo tiempo, un grupo liderado por Youji Ishii dejaban el Sonic Team y a Sega para formar su propia compañía. Entre los que apostaban estaba Naoto Oshima, el diseñador original de Sonic y Eggman.

      Con el fracaso de Dreamcast, el último cañón de Sega en la guerra de consolas, la compañía salió del negocio del hardware para concentrarse en el desarrollo de juegos. A partir de Abril de 2000, el Sonic Team oficialmente se volvió SONICTEAM S.A., anexo de la Corporación Sega. Como las penas financieras de Sega continuaban, varias de las compañías disidentes fueron obligadas a separarse e integrarse en otras divisiones. 

      A comienzos de 2004, la corporación Sega y la corporación Sammy anunciaron el establecimiento de una compañía de común, Sega Sammy Holdings. En luz de la ventura de junta inminente, Sega comenzó a limpiar su lado del funcionamiento, empezando con la migración de sus subsidiarias de desarrollo de regreso a la compañía principal. A partir del 2004 de julio, SONICTEAM S.A. se unió de regreso a Sega. Sonic Team USA, entretanto, se transformó en Sega Studios USA, todavía encabezado por Takashi Iizuka. 

      Entre todo el tumulto del fin corporativo a comienzos del 2000, la calidad de los juegos del Sonic Team comenzó un marcado declive. Secuelas continuadas a la franquicia de Sonic e inclusive los nuevos y originales esfuerzos como Giant Egg les faltó la chispa creativa que alimentaba los trabajos más antiguos en la genealogía del Sonic Team. En mayo de 2006, Yuji Naka, anunció su salida de la compañía. Aunque el nuevo esfuerzo de Naka, Prope, es consolidado parcialmente por Sega, sus funcionamientos son independientes, acabando con la saga de Sega AM8.

     Aunque el nombre "Sonic Team" todavía está en uso, su existencia más allá de una marca de fábrica ambigua y el logotipo no es la misma. La mayoría (si no todos) de los miembros originales se han ido y la estructura presente de Sega no parece ser tan sólida como estaba en tiempos pasados. La propia compañía continúa creciendo casi exclusivamente en un arroyo de secuelas de Sonic sin inspiración (grandemente debido a su éxito en mercados Occidentales), pero la entidad distintiva conocida como el "Sonic Team" se ha, para todos los intentos y propósitos, disipado.